1) Çiftçilerden veya ortaklardan satın aldıkları;
· Hayvanlar ve bunların mahsulleri ile kara ve su avcılığı mahsulleri bedelinin ödenmesinde % 2 (Ticaret Borsaları'nda tescil ettirilerek satın alınanlarda %1)
· Diğer zirai mahsullerin bedelinin ödenmesinde de % 4 (Ticaret Borsalarında tescil ettirilenlerde %2)
· Orman ürünlerinin istihsal bedellerinin ödenmesinde %2 oranında gelir vergisi kaynakta tevkifat yapmaları gerekmekledir.
Kooperatifler bir ay içinde kesilen hayvansal ve zirai vergilerini ertesi ayın 23'üncü günü akşamına kadar muhtasar beyanname ile bağlı bulunduğu vergi dairesine bildirmek ve beyanname verilen ayın 26. günü akşamına kadar ödeme yapmak mecburiyetindedirler. Belirtilen muhtasar beyannamenin geç verilmesi, hiç verilmemesi veya tahakkuk eden söz konusu verginin zamanında ödenmemesi sebebiyle doğacak vergi zam ve cezalarını, 1163 sayılı Kooperatifler Kanunu'nun 62'nci maddesi gereğince kusuru olan kooperatif yönetim kurulu üyeleri ödemekle sorumludur.
2) Ayrıca kooperatiflerce istihdam edilen kişilerden, yine 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu'nun 94'üncü madde 1’inci fıkrası, 103 ve 104'üncü maddelerinde yazılı gelir dilimlerinde belirtilen nispetlerde gelir vergisi kesilerek muhtasar beyanname ile bağlı olduğu vergi dairesine yatırılması gerekmektedir. Çalışanların gelir vergisine tabi gelir dilimleri ve vergi oranları: Gelir dilim ve nispetinde gelir vergisi kesilip ilgili vergi dairesine ertesi ayın 23'ncü günü akşamına kadar muhtasar beyanname ile bağlı bulunduğu vergi dairesine bildirmek ve beyanname verilen ayın 26. günü akşamına kadar ödeme yapmak mecburiyetindedirler.
3) Çiftçilere yapılan doğrudan gelir desteği ve alternatif ürün ödemeleri için gelir vergisi kesintisi yapılmaz.